Susunan Organisasi Dinas Perhubungan Kabupaten Pati terdiri dari :

a. Kepala Dinas

b. Sekretariat, terdiri dari :

1. Subbagian Program dan Keuangan
2. Subbagian Umum dan Kepegawaian

c. Bidang Lalu Lintas

1. Seksi Manajemen Lalu Lintas
2. Seksi Rekayasa Lalu Lintas
3. Seksi Penerangan Jalan Umum

d. Bidang Angkutan dan Teknik Sarana

1. Seksi Angkutan
2. Seksi Pengujian Kendaraan Bermotor

e. Bidang Pengendalian dan Operasional

1. Seksi Pengamanan dan Keselamatan Jalan
2. Seksi Perparkiran

f. Kelompok Jabatan Fungsional

g. UPT Terminal